Las salas de arte Gótico albergan una magnífica colección de piezas representativas de la época de esplendor de la Corona de Aragón (siglos XIV y XV). A lo largo de su recorrido se observa, como a lo largo del siglo XV, los modelos franceses dan paso a las nuevas formas italianas, flamencas y germánicas. Del Gótico Hispano-Flamenco, destaca el retablo de la Santa Cruz de Blesa de Jiménez y Bernat (1483-1487), o el retablo de la Resurrección de Jaime Serra, realizado entre 1381-1382, que supone la introducción del estilo italogótico en Aragón. De 1435-1445, es el magnífico Ángel custodio de Zaragoza, realizado por Pere Johan, escultura en alabastro policromado realizada para la Diputación del Reino.