La colección de cerámica es sin duda la más numerosa y variada. Además de las cerámicas de época antigua, el Museo dispone de fondos de los alfares históricos españoles más conocidos: Manises (Valencia), Talavera de la Reina y Puente de la Reina (Toledo), Alcora (Castellón), Buen Retiro (Madrid) y talleres europeos (Sevres, Choisy-le-Roy, La Rochelle y Sounderland, entre otros). Sobresalen las colecciones de cerámicas aragonesas de barniz estannífero: Muel, Teruel y Villafeliche. Muel (Zaragoza) inicia su producción a fines del siglo XV y se ha prolongado hasta época actual. Los siglos XVII y XVIII, ampliamente representados, fueron los de mayor esplendor.
La tipología y decoración de los recipientes es variada, en cerámica de mesa hay platos, cuencos, escudillas y jarras, otros usos tuvieron las placas religiosas, morteros, terrizos, aceiteras, orzas, tinteros y albarelos (botes de farmacia).
La colección cerámica llega hasta la alfarería popular de Aragón, de uso cotidiano en el espacio doméstico de los hogares rurales entre fines del siglo XIX y siglo XX. Las dos grandes líneas productivas fueron la alfarería de fuego u ollería, a veces vidriada, y la cantarería, con piezas decoradas con pintura roja, con representaciones de casi medio centenar de alfares de todo el territorio.
