Las colecciones se inician con los bienes aragoneses procedentes de la Desamortización eclesiástica promovida durante la regencia de la reina María Cristina (1835).
Este primitivo núcleo de apenas 121 objetos de carácter religioso, se ha ido incrementando a lo largo de más de 150 años, por los diferentes canales legalmente establecidos: compras, donaciones, depósitos y de forma sobresaliente excavaciones y prospecciones arqueológicas, hasta la cifra de 3.500.000 objetos, de los que se expone solo una parte mínima.
La vocación aragonesa del Museo de Zaragoza viene definida por la naturaleza de sus colecciones y la trayectoria histórica de la institución. Este patrimonio público permite trazar la historia del territorio de la comunidad aragonesa desde la Prehistoria hasta el siglo XX, y se distribuye en cinco secciones albergadas en cuatro edificios.
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