El Museo de Zaragoza nació con la desamortización eclesiástica de Mendizábal en el año 1836, durante la regencia de María Cristina. Se abrió al público por primera vez en enero de 1848. Desde dicho momento ha transitado por diversas sedes (iglesia de San Pedro Nolasco, ex convento de Santa Fe y Colegio Militar Preparatorio) hasta su sede definitiva en la plaza de Los Sitios. En 1971 pasó a depender del entonces Ministerio de Educación y Ciencia, más tarde se transfirió su gestión a la Comunidad Autónoma de Aragón (1987), pero conservando la titularidad estatal. Una sección de Etnología se incorporó en el año 1976 y otra especializada en el mundo romano, la Colonia Celsa, se añadió en 1997.
Es el museo más extenso y representativo, por sus colecciones, de todo el territorio aragonés, cuya historia resume desde la Prehistoria hasta el siglo XX.
1835. Desamortización eclesiástica de Mendizábal (Regencia de María Cristina).
1835-1844. Comisión Artística de la R. Academia de NN. y BB. AA. de San Luis de Zaragoza para elaborar el inventario de bienes.
1836-1845. Sede: iglesia de San Pedro Nolasco.
1844-1850. Sigue las tareas la Comisión Científica y Artística de la Provincia de Zaragoza.
1845-1894. Sede: ex convento de Santa Fe.
1848. Apertura del Museo.
1850-1857. La Academia de San Luis al frente del Museo.
1857-1883. La Comisión de Monumentos al frente del Museo.
1883-1914. La Academia de San Luis al frente del Museo.
1894-1910. Sede: Colegio Militar Preparatorio.
1910. Sede: edificio de Ricardo Magdalena en plaza de Los Sitios.
1914. Museo Provincial de Bellas Artes. El Museo regido por una Junta de Patronato.
1954. Primera reforma de la Sección de Arqueología.
1971-1977. El Museo pasa a depender del Ministerio de Educación y Ciencia.
1974-1975. Primera reforma museográfica del edificio y de las Secciones de Arqueología y Bellas Artes.
1976. Se suman al Museo el Museo Etnológico y de Ciencias Naturales de Aragón (parque José Antonio Labordeta, Zaragoza).
1977-1978. El Museo pasa a depender del Ministerio de Cultura. Nueva denominación: Museo de Zaragoza.
1983. Construcción del Centro de Velilla de Ebro, como gran área de reservas del yacimiento de la Colonia Celsa.
1984. Primera reforma museográfica de la Sección de Etnología.
1987. Transferencia a la Comunidad Autónoma de Aragón.
1991. Reforma museográfica integral del Museo de Ciencias Naturales, reconvertido en Sección de Cerámica.
1997. Instalación museística de la Colonia Celsa, Velilla de Ebro.
2010. Reforma museográfica de la Sección de Etnología.
